Microbiote intestinal : une révolution pour la médecine ?

Les microbes ne seraient plus nos ennemis mais nos amis ! Les récentes découvertes concernant la "flore intestinale" ouvrent des perspectives nouvelles dans de nombreux domaines thérapeutiques. Certains parlent d'une révolution…

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Depuis le début des années 2000 de nombreux experts ont le sentiment d'avoir découvert un monde nouveau avec trois piliers : l'intestin, les bactéries, les relations avec le cerveau. Tout est parti de l'étude du microbiote intestinal par la biologie moléculaire.
Serge Rafal*, qui organise chaque année à l'hôpital Tenon un congrès réunissant les différentes approches médicales, a une position centrale pour observer ce phénomène. Il a publié dernièrement un ouvrage sur la question**.

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Microbiote intestinal et génétique

La métagénomique, c'est quoi ?
La technique du séquençage de l'ADN a provoqué une révolution dans l'analyse du microbiote intestinal. Comment cela se passe concrètement ?
"On prend des selles, on en extrait l'ADN et on séquence tout l'ADN des bactéries, des levures, des champignons, des virus", explique Philippe Langella, chercheur à l'Institut Micalis, INRA. "Avec cela, on sait non seulement qui est là mais aussi qui fait quoi. C'est ce qu'on appelle la métagénomique. Cela permet de reconnaître les bactéries en situation dans leur environnement et non plus en culture de laboratoire."

Une carte d'identité personnelle
Ces recherches ont permis de nous rendre compte que nous avons un microbiote intestinal qui nous est propre, un peu comme une empreinte digitale, une sorte de carte d'identité ou de groupe sanguin de la personne.
"Nous sommes tous très différents les uns des autres. Mais les fonctions du microbiote intestinal sont identiques pour toutes les personnes saines : réponse immunitaire, barrière intestinale, protection contre les agents pathogènes, axe entre l'intestin et le cerveau. Il participe à des fonctions clés de la santé humaine et animale."

Deux grandes familles de bactéries
Il existe deux grandes familles qui couvrent 80 % des bactéries intestinales : les firmicutes et les bacteroidetes. Les autres sont de moindre importance : actinobactéries (bifidobactéries) et protéobactéries (escherichia coli).
La souche "FPro", par exemple, est en déficit chez les patients atteints de maladies de l'intestin. C'est un bon marqueur de ces pathologies. 

Il y a une douzaine livres aujourd'hui qui parlent de l'intestin et de ce qu'on appelait autrefois la flore intestinale. Pour quelle raison ?
Serge Rafal : Grâce aux progrès de la recherche scientifique, nous n’avons plus besoin aujourd'hui de mettre les bactéries en culture pour les étudier. 88 % des bactéries intestinales sont anaérobies, ce qui veut dire qu'elles ne peuvent vivre qu'en l'absence d'oxygène. Quand on les prélevait autrefois, elles mourraient en deux minutes au contact de l'air, et rien ne poussait sur les boîtes de Pétri (utilisées en laboratoire pour la culture de micro-organismes). Après le séquençage du génome humain en 2004, il a été possible de faire celui du génome des bactéries et d’affirmer ainsi, sans recourir à la culture, l’absence ou la présence de telle ou telle colonie. (Voir encadré)

Vous évoquez dans votre livre* un mécanisme que vous appelez la "triade infernale"…
S.R. : Le facteur initial est le déséquilibre bactérien. Par exemple les enfants nés par césarienne n'ont pas les mêmes bactéries que ceux nés par voie basse et on constate chez eux un déséquilibre du microbiote qui se corrige seulement vers l’âge de 2 ans. Mais le déséquilibre bactérien peut également être dû au mode de vie, aux antibiotiques, à l'alimentation, à certaines maladies… Il entraîne une inflammation intestinale, elle même entretenue et aggravée par certaines protéines comme le lait ou le gluten. Cela déclenche ensuite une hyperperméabilité des parois de l'intestin qui permet à des substances qui n'auraient pas dû, de pénétrer dans l'organisme, d'y créer et d’y entretenir une inflammation chronique dite de bas grade. Cette dernière peut être à l'origine de nombreuses pathologies parfois lourdes.

L'analyse du microbiote pourrait-elle permettre de détecter certaines maladies ?
S.R. : Le mode de vie et l'alimentation favorisent le développement de certaines colonies de bactéries. La prééminence d'un colonie ou d'une autre pourrait être effectivement le marqueur spécifique de telle ou telle pathologie. De nombreuses expériences animales ont confirmé cela dans la maladie de Crohn, le diabète, l’obésité, les comportements... ce qui est alléchant et prometteur pour l’homme.

Parmi les nouvelles pistes thérapeutiques prometteuses issues de ces recherches, où en sommes-nous dans le domaine des probiotiques ?
S.R. : Nous prescrivons actuellement la première génération de probiotiques généralistes. Nous nous dirigeons probablement vers des probiotiques plus spécifiques. Les pistes concernent des domaines très variés puisque nous avons le sentiment que de nombreuses voire la plupart des pathologies partent de l'intestin. Pourquoi pas bientôt des "psychobiotiques", les "allergobiotiques", les "immunobiotiques", les "rhumatobiotiques", etc. ? Les travaux de recherche se situent actuellement à la phase de toxicologie, nous devrions disposer des probiotiques "nouveaux" d’ici 18 mois à 2 ans.

Quelles sont les autres pistes qui sont étudiées actuellement ?
S.R. : La méthode la plus efficace pour le moment est celle du transfert de matière fécale (Voir : La transplantation de selles). Les probiotiques actuels ont une durée de vie de 24 à 36 heures dans l'organisme. Ce serait intéressant d'avoir des probiotiques à libération prolongée et donc à action retard. Si l'on se permet un peu de science fiction, nous aurons bientôt entre les mains des mélanges de bactéries spécifiques de chaque pathologie et d’une longue durée d’activité.

Pour quelle raison parlez-vous d'une révolution pour la médecine ?
S.R. : Depuis Pasteur, le microbe était l'ennemi. Maintenant la bactérie est considérée comme un élément particulièrement bénéfique pour la santé humaine. L’objectif n'est plus de s'en débarrasser mais d'en prendre grand soin. Il convient de rester prudent mais les récentes découvertes sur le microbiote intestinal sont déterminantes et extrêmement prometteuses pour l'avenir. Deux des questions qui se posent aujourd'hui sont :
- Le déséquilibre bactérien est-il la cause ou la conséquence de la pathologie ?
- L’introduction de(s) la bonne(s) bactérie(s) va-t-elle résoudre le problème ?

Est-ce que ces dernières découvertes ne viennent pas confirmer les conceptions des médecines alternatives ?  
S.R. : Seignalet avait senti dans les années 80 l'importance de l'alimentation sans connaître l’existence et le rôle des bactéries intestinales. Il avait juste constaté le lien entre un certain type d'alimentation et des maladies graves et/ou inflammatoires chroniques. N’oublions pas Hippocrate qui disait déjà : "Que l'aliment soit ton premier médicament". Dans la MTC (Médecine Traditionnelle Chinoise), l'alimentation est une branche à part entière au même titre que l'acupuncture ou les exercices physiques. Je me souviens d'une très jolie scène dans "Le Dernier Empereur" de Bertolucci : le précepteur décide du régime alimentaire du jour en examinant et en mettant son nez sur les selles du jeune empereur…

Quel est le rôle de l'épigénétique ?
S.R. : C'est ce qu'on mange qui crée et entretient ou pas l'inflammation, l'hyperperméabilité puis la maladie, selon la prédisposition génétique. Mais nos comportements peuvent nous protéger en modifiant l'expression des gènes, ce qu'on appelle l'épigénétique. Les conseils que vous donnez pour une vie "saine et zen" permettent de modifier l’atavisme génétique… ce qui conforte notre démarche. Nous, praticiens des médecines naturelles, avons toujours insisté sur le rôle du terrain, prééminent sur ce qu’on appelait autrefois le microbe et maintenant les germes.

 

*Ancien attaché à l'hôpital Tenon, Serge Rafal est médecin généraliste, il pratique l'acupuncture, l'homéopathie, la phytothérapie, la micronutrithérapie.
**Ben, mon côlon !, éditions Leduc.S


                

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