C’est la composante fongique du microbiote abrité par les humains, les autres animaux ou les plantes.
Les champignons se développent sous forme de fins filaments qui peuvent dans certains cas former des structures visibles à l’œil nu (pieds et chapeaux). La plupart du temps, ils ont une forme microscopique, colonisant divers habitats, se nourrissant de matière morte ou parasitant d’autres organismes.
Certains champignons des sols s’associent aux racines des plantes pour former des organes appelés mycorhizes, une symbiose indispensable au développement des deux organismes. C’est le cas, par exemple, des truffes et des bolets avec plusieurs espèces de plantes, souvent des arbres : le champignon prélève dans le sol de l’eau et des nutriments qu’il fournit à la plante hôte qui, en échange, lui donne une partie des produits de la photosynthèse (notamment des sucres). Dans certains cas, le champignon pénètre dans certaines cellules de la plante et il échange avec elles sans les tuer ! Environ 90 % des espèces de plantes dépendent ainsi de champignons mycorhiziens pour assurer leur nutrition.
Il existe une autre forme de colonisation des plantes par des champignons, une colonisation diffuse, dite endophyte, qui n’est pas à l’origine de nécroses ni de maladies et a des effets bénéfiques plus faibles que les mycorhizes. On retrouve des champignons endophytes dans tous les tissus des plantes : graines, fleurs, tiges, feuilles… Une seule feuille peut contenir des dizaines d’espèces de champignons !
Les plantes ne sont pas les seules à présenter un mycobiote : les animaux et les humains aussi ! La peau et les muqueuses des mammifères sont également colonisées par des champignons qui ne sont pas filamenteux mais faits de cellules séparées : les levures.
Le mycobiote de notre peau présente en majorité des levures du genre Malassezia, dont les rôles ne sont pas encore complètement connus. Elles limitent notamment les infections d’agents pathogènes comme le staphylocoque doré. Certaines colonisent les métastases de divers cancers, ce qui en fait des outils potentiels pour le diagnostic de cancers précoces.
Source : The Conversation, Liam Laurent-Webb & Marc-André Selosse - 23/05/24
